precursora de la Independiencia

Su amistad con Manuel Rodríguez de Quiroga, por quien sentía una gran admiración y su confianza la llevó a apoyar la causa de la Independencia. 

En la noche del 9 de agosto de 1809 se llevó a cabo la reunión clandestina, en casa de Manuela Cañizares, en la que se organizarían los eventos para la proclamación del grito libertario, con la asistencia de 38 invitados.

Más tarde, cuando se produjo la represión militar de la revolución de Quito, Manuela Cañizares debió esconderse por algún tiempo en una hacienda del Valle de los Chillos, mientras en Quito se instauraba el proceso penal contra los sublevados y se pedía pena de muerte para ella mismo, al tiempo que era objeto de difamación calificándola de prostituta. 

Cuando pudo volver a la ciudad se refugió en casa de unos amigos entrañables, Miguel Silva y Antonia Luna, quienes vivían en el barrio de San Roque.